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德国占领青岛后，一些伤病员只能安置在简易的临时木板房里，而如何安置伤员和病员成为胶澳当局亟需解决的问题，总督府野战医院就是这样的背景下建立的。
作为青岛最早被建设的公共性建筑之一，野战医院分布在一大片坡度很大的山丘的南面，距离前海有三个街区，这一区域实质上已接近规划的欧洲人居住区的边缘。1899年，总督府野战医院开始动工兴建。1900年，总督府野战医院就已改为督署医院。1904年，整个建设工程全部完工。至1906年，医院共投资198万马克，占地6.62万平方米，建筑面积7282平方米。
医院由三座二层病员馆和一座隔离病员馆组成，其它的附属建筑物：一座带厨房、储藏室和下级官员宿舍的生活楼、一座设办公室和官员宿舍的办公楼、一座带敷料室的药局大楼、二座带护理人员和中国工人宿舍的附属楼、一座带消毒室的洗衣房、一个车库及太平间。
德国人治理下的青岛，通过制订并实施内容详细的预防措施和卫生条例，青岛一跃而为当时中国最健康的港口城市。这让青岛的德国人对这一成就引以为荣：“中国南方的港口城市深受鼠疫、霍乱之害，而我们的殖民地却通过采取理智的检疫措施，将瘟疫有效地拒之港外。检疫却几乎没有为来往贸易、交通增添麻烦。”
1905年10月至1906年10月的一份政府年度报告，曾经记录了野战医院进行的阑尾手术。报告特别提到，不下42例动过手术的人，都获得了康复。显然，这份报告的写作者相信，这个时期医院的工作是可以信赖的。
日德战争期间，督署医院成要塞医院。德国人因担心医院成为重型舰炮远射的目标，医院被搬空，病床转移至海因里希亲王饭店、水兵俱乐部、德华高等学堂、禅臣洋行和天主教会里的房屋。
战后，督署医院被占领青岛的日本军队接管，改称陆军医院，1916年改为青岛病院。这期间，医院的南部被加建了一个耗资巨大的三层门诊楼。1927年，这间医院被改名为同仁会医院。1946年，医院由南京国民政府命名为国立山东大学附属医院。